Masaryk kết hôn với Charlotte Garrigue năm 1878, và lấy tên họ của vợ làm tên đệm của mình. Họ gặp nhau ở thành phố Leipzig, Đức và hứa hôn năm 1877. Charlotte Garrigue sinh tại Brooklyn trong một gia đình theo đạo Tin Lành, tổ tiên gốc phái Huguenot ở Pháp. Bà đã học tiếng Séc hoàn hảo và đã xuất bản các nghiên cứu về Bedřich Smetana trong một tạp chí tiếng Séc. Các khó khăn gian khổ mà họ trải qua trong thời chiến đã gây thiệt hại lớn cho bà. Bà qua đời năm 1923, do một chứng bệnh không xác định được. Họ có năm người con: Jan Masaryk, Herbert, Alice, Anna và Olga. Jan Masaryk từng làm bộ trưởng ngoại giao trong chính phủ Tiệp Khắc lưu vong (1940–1945) và trong các chính phủ Tiệp Khắc từ năm 1945 tới 1948

Masaryk qua đời 2 năm sau ở Lány, Tiệp Khắc, nay là Cộng hòa Séc thọ 87 tuổi. Ông đã thoát khỏi phải nhìn thấy Hiệp ước München và khỏi phải chứng kiến việc Đức Quốc xã chiếm đóng nước mình.

Masaryk đã viết nhiều sách, trong đó có quyển "The Problems of Small Nations in the European Crisis" (1915) và The World Revolution (1925, bằng tiếng Séc, ấn bản tiếng Anh là The Making of a State (1927)). Nhà văn Karel Čapek đã viết một loạt bài mang tên "Hovory s TGM" (Những cuộc đàm đạo với Tomáš Garrigue Masaryk) sau đó được tập hợp lại trong dạng tự truyện.